免费论文查重工具和知网查重系统在原理和使用方式上存在较大差异。免费论文查重工具通常采用开源算法进行文本比对，虽然能够提供一定的查重效果，但其准确性和全面性远不及知网查重系统。知网查重系统是基于知网数据库的专业查重平台，其拥有庞大的学术资源和先进的查重算法，能够更准确地检测文本的重复率和来源。因此，从准确性和全面性上来说，免费论文查重和知网查重存在较大差异。

此外，免费论文查重工具和知网查重系统在使用体验和服务质量上也有明显差异。免费论文查重工具通常提供简单的在线查重功能，但对于大篇幅或专业性较强的论文，其查重效果可能不尽如人意。而知网查重系统则提供更加全面和专业的服务，包括对文献原文的检测、相似度比对、文献来源溯源等功能，能够满足学术期刊、科研机构等专业领域的查重需求。因此，无论是从查重效果还是服务质量上来看，免费论文查重和知网查重之间存在明显差异。